感染性疾病是由病原微生物和寄生虫感染引起的炎症性疾病，在诊断病理学工作实践中，这类病例可占一半以上。如李天等分析860例外阴活检标本，其中74.42%为感染病疾病。常规病理检查主要是根据形态学观察确定病变性质和类型，往往对病因诊断不够关注。

      对于感染性疾病，临床往往侧重检查血清抗体或做病原体培养。但有时实验室检查也可能检测不到病原体及其相应的抗原、抗体，或检出的抗体未必与现有疾病相关；分离培养技术复杂，培养出的病原体也不一定代表体内真实的感染源；分泌物的特殊染色阳性率不高，也常与抗体检测结果不一致。所以实验室检查对于病因诊断有很大局限性。而对病变组织进行原位病原体检查是一个很好的选择。病理学家可以通过对病变组织中的病原体原位检测提供可靠的诊断。病理学检查兼有定位、定性与定因之多重作用，尚可用于回顾性研究，有其独到之处，是其它检查难以取代的。

      常规病理检查方法主要是根据形态学观察确定炎性病变性质和类型。在此基础上，对病变组织进行原位病因学检查，一般有7个途径：①根据病变特征推断病原体，如根据典型结核结节和干酪样坏死诊断结核病；根据病毒包涵体诊断病毒感染；②直接检查到病原体，如在病灶中检查到菌丝和孢子诊断真菌病；③用组织化学染色检测到某些病原体，如抗酸染色显示分枝杆菌、六胺银和PAS染色显示真菌；④在免疫组化技术辅助下用已知抗体检测病原体的抗原成分，如CMV所致之核内包含体，弓形虫之包囊，但往往因其稀少难以发现，通过免疫组化标记则不难辨认；⑤检测病原体的核酸成分，利用原位杂交、PCR等分子生物学技术检测病灶中的病原体核酸成分；如HPV,EBV、HBV、HIV等；⑥利用电子显微镜辨认某些病原体的特异性结构；⑦利用新鲜病变组织进行病原体分离和培养、动物接种等，进一步明确致病微生物。由此可见病变组织的用处广泛。在感染病灶中原位发现病原体或其成分，进行感染的原位病因诊断，这是判断感染源的直接且可靠的证据。

      病理医师在确定炎症性病变的类型、性质的基础上，在病灶原位进行病原体辨认，对病变组织进行病因学检查，可以确定病因诊断，为临床治疗提供依据。根据感染原的形态、病变特征与谱系，确定其与病变的对应关系或相关程度，探讨特定病变的感染原与发病机制，更具有理论意义。对于很多新出现的传染病，原位病因检测在确定其病因、发病机制、病变特征等方面都曾发挥过重要作用。例如艾滋病出现后，首先是病理学检查(主要是尸检)确定了疾病的特征是细胞免疫缺陷，归纳了发病因素，进而在病变组织中分离鉴定出HIV。笔者认为，感染性疾病的原位病因检测与诊断是值得病理医师关注和实践的一个重要方面。