随着现代科学技术的发展，分子生物学蓬勃发展，并应用于病理学领域，形成分子病理学。病理诊断也随之步入分子病理诊断时代。分子病理学的基础也是形态学观察，包括常规形态学观察（组织和细胞学水平），特殊形态学观察（特染，IHC等，蛋白质水平），电镜观察（超微结构水平/亚细胞水平），分子病理学检测把病理诊断提升到分子水平。

 总体看来，肿瘤病理学的分子病理诊断已经先行一步，对肿瘤细胞的核酸或基因检测起步较早，很多种类肿瘤的分子水平变异被发现和鉴定，并已经用于肿瘤诊断和靶向治疗，如乳腺癌、胃肠道间质瘤；甚至用于肿瘤的命名，如ALK重排肾细胞癌，RAF1重排梭形细胞肿瘤，SMARCA4缺失性子宫未分化肉瘤等。

 相比之下，感染病理学的分子病理诊断比较落后，基本停留在形态学诊断阶段，即使借助特殊染色、免疫组化手段，有些病例仍然难以确定病因。各种病原体的形态学表现及其相关病变，对于大多数病理医师来说仍然比较陌生。病变组织的分子生物学检测，特别是在病灶原位的病原体核酸检测，对病因诊断很有帮助，但还在起步阶段，具有很大发展空间。

 分子病理学诊断同样基于组织或细胞、体液等成分的形态学观察。固体标本（组织或细胞）和液体标本（体液、渗出物）都可以用来进行分子病理学检查，在形态学观察基础上提示进行何种分子病理学检查，并提供检查标本，如原位杂交技术（ISH），聚合酶链式反应（PCR）、下一代测序（NGS）、基因芯片、质谱技术等。这些技术在感染性疾病的病因诊断、肿瘤性疾病和某些遗传性疾病的基因改变等方面都大有用武之地。病理医师可能更钟情于原位病理学检查，如原位杂交、原位PCR、原位NGS等，可以在病变组织或细胞原位观察到阳性信号，发现疾病的本质性改变。

 原位杂交技术相对比较简单，许多病理科都已经开展，但检测的项目有限，可能只有HPV、EBV两种病毒在使用。

 核酸扩增的核心技术主要是聚合酶链式反应（PCR），用它可以进行定性检测、定量检测，多重PCR可同时检测多种病原体，原位PCR可将PCR的高效扩增与原位杂交的组织学定位相结合，在组织细胞里进行PCR反应。

    下一代或新一代（NGS）可分为宏基因组测序（mNGS）和靶向基因测序（tNGS）。两者均可用于病原体检测、癌症筛查和靶向治疗、遗传病检测等领域，适用于病理标本，如石蜡包埋组织切片、穿刺组织学和细胞学样本等。

 分子病理学检测具有很多优势，包括高通量（多种核酸一次性检测）,敏感性（检测出微量核酸），特异性（特定病原体），便捷性（简便迅速）等。但对于设备、技术和环境要求较高，因而应用范围还不够广泛，而且与检验科存在竞争。要在病理科普及分子病理诊断，尚需努力！

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