上文说到，病毒种类繁多，致病性病毒可致多种细胞病变(cytopathy)，包括病毒包涵体、合胞体多核巨细胞等。然而包涵体和合胞体常常很少，在光镜下不易发现，而且特异性不强，难以确定其病毒属性，所以只能作为病毒感染的一种诊断线索，然后辅以特殊染色、免疫组化、电子显微镜、原位杂交或基因检测等，进一步确定病毒类型。在SARS及MERS的病因探测时这些技术在尸检材料中都有广泛的应用。

1.特殊染色  有些特殊染色有助于鉴别病毒包涵体，如Giemsa染色法可显示多种病毒包涵体:SARS病毒包涵体于肺细胞胞质中呈现鲜红色；呼吸道合胞病毒、CMV包涵体位于肺组织的细胞核内，在没有形成包涵体前呈鲜红色，形成包涵体后呈深紫色至蓝色。Macchiavello氏改良法染色下，SARS病毒包涵体见于肺组织细胞质内，呈鲜红色，细胞核呈蓝色。伊红和甲基蓝染色可显示呼吸道合胞病毒和巨细胞病毒包涵体，包涵体着染深蓝色或绿色，SARS病毒包涵体不着色。Lendrum荧光桃红-酒石黄染色也可以显示病毒包涵体。

2.免疫组化  市场上已有十余种病毒的抗体，如HBV表面抗原、核心抗原的抗体，EBV的潜伏膜蛋白-1抗体、乳头状瘤病毒、单纯疱疹病毒和巨细胞病毒的抗体、SARS-CoV抗体等。用免疫组化标记有助于发现和鉴别病毒抗原、包涵体的种类，鉴别靶细胞的类型等。如用上皮细胞、组织细胞、内皮细胞或淋巴细胞等标记识别含有包涵体的靶细胞属性，用不同病毒的抗体识别各种病毒，具有特异性，易于发现包涵体并能鉴别病毒类型。在SARS的研究中有一些双重染色的报告，同时鉴定病毒种类以及靶细胞的类型。免疫荧光技术也已用于病毒等病原体的检测。

3.原位杂交  目前诊断应用较多的是HPV和EBV原位杂交。如HPV核酸见于许多部位的鳞状细胞癌，并不限于子宫颈癌；EBV核酸在淋巴瘤、鼻咽癌、胃腺癌甚至平滑肌肿瘤中均有发现，证实了这些肿瘤的病毒病因。在SARS相关的肺炎中也证实冠状病毒可感染肺泡上皮等多种细胞，证明其靶细胞不限于肺泡上皮。但市场上病毒相关原位杂交探针不多，研究人员需要根据研究目的专门研制。荧光原位杂交是用荧光染料标记探针，提高了敏感性和准确性，在感染性疾病中也有应用。

3.电镜检查  电镜检查包括透视电镜和扫描电镜，以透视电镜应用较多，对确认病毒感染更有其独到的作用。在AIDS、SARS、MERS等诸多感染的研究中应用较多。如SARS-coV病毒颗粒常见于肺泡上皮的内质网中，也可见于细胞表面。

5.基因检测  许多感染性疾病依靠对病毒基因序列的检测进行诊断和研究，如当前对新型冠状病毒的确诊完全依赖核酸检测。病理组织也可用来检测病毒基因，可惜一则缺乏标本，二则缺乏设备，检验科捷足先登，不再赘言了。

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