绝大多数肿瘤发生于原有组织部位，根据组织胚胎学和解剖学知识，不难判断。如各种上皮性肿瘤，均发生于皮肤黏膜。平滑肌肿瘤常发生于有平滑肌的组织，最常见于子宫，过去认为胃肠道也多见，现在几乎均为GIST。血管平滑肌、皮肤平滑肌也可以发生，但均少见。按照特定解剖部位对疾病进行病理学分类、诊断和研究，可以称为局部病理学，与系统病理学可以互补。

 有些肿瘤好发于身体中线部位：如神经母细胞瘤好发于肾上腺髓质、颅底至脊柱中线两侧，与交感神经链的分布有关。脊索瘤也好发于颅底至骶骨中轴线处，副节瘤好发于颈部(颈动脉及迷走神经)、眼眶(睫状神经节)、腹膜后(腹膜后体)、外耳道(颈静脉球)等处。生殖细胞肿瘤好发于睾丸、卵巢，此外也可见于松果体、纵隔、骶尾部和后腹膜后，也是在身体中线。近端型上皮样肉瘤也常发生于身体中线(轴线型)及其两侧，如胸背部、颈部、腹股沟和会阴部、纵隔等。

 有些肿瘤好发于起源组织以外的部位，但不是异位组织。如胚胎性横纹肌肉瘤，也常见于中轴线附近的组织如阴道、胆囊、阴囊、子宫颈、腹膜后，而在横纹肌发达的四肢少见。血管球瘤好发于四肢末端，尤其指(趾)甲下，罕见于其他部位。浅表纤维瘤病也好发于四肢末端，常见于手掌尺侧、趾部、指关节。远端型上皮样肉瘤也多见于四肢末端。

 有些肿瘤有特定的发病部位，如纤维血管瘤好发生于鼻咽部，血管平滑肌脂肪瘤好发于肾脏，弹力纤维瘤好发于肩背部等。

 有些肿瘤在不同的部位诊断标准有所不同。如筛孔样结构，在皮肤类似图像叫圆柱瘤，为良性；在乳腺为低度恶性；在涎腺或肺部(涎腺型肿瘤)为中度恶性，称为腺样囊性癌。平滑肌肉瘤发生于胃肠道者，对核分裂象要求较低；而在子宫，核分裂象>10/10HPF，才能诊断为平滑肌肉瘤；发生于腹腔和腹膜后的平滑肌肿瘤通常认为是恶性。软骨性肿瘤发生于四肢躯干等大骨者不可轻易诊断为良性，发生于手足等小骨者则多为良性。副节瘤在形态上不能确定良恶性，在横膈之上者预后较好，横膈以下者则多为恶性。类癌发生于阑尾者相对良性，在胃肠道相对恶性，但也与其大小有关，如结肠类癌<1㎝，则可视为良性。

 有些肿瘤在不同深浅部位诊断也有差别。如有异型性的脂肪肿瘤，在浅表部位(皮下组织、浅筋膜)可诊断为多形性脂肪瘤，在深部组织尤其腹膜后则应考虑为脂肪肉瘤。有同样异型性的纤维组织细胞性肿瘤，在皮肤浅表部位者诊断为非典型纤维黄色瘤，在深部则为恶性纤维组织细胞瘤。除皮肤隆突性纤维肉瘤和瘢痕组织恶变(但病程较长)外，纤维肉瘤亦罕见于浅表部位。

 熟悉常见肿瘤的好发部位，以及某些部位的好发肿瘤，可以增强病理诊断的针对性，缩小鉴别诊断的范围，提高诊断工作的效率。

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