胸腺囊肿是指来自胸腺咽管的先天性囊肿。多见于纵隔和颈部，胸腺在胚胎下降时，如停留在颈部较易形成囊肿，其中以颈部多见。发生在纵隔者常无症状，多在胸透时偶然发现。肉眼观察：呈单房或多房囊肿，囊内含清亮液体，如有出血囊内液体则呈棕黄或暗红色。囊壁可钙化。显微镜下：囊壁内衬柱状、立方、假复层纤毛柱状上皮或复层鳞状上皮，上皮下为结缔组织，内有少量淋巴细胞、浆细胞或中性粒细胞，囊壁边缘可见有萎缩的胸腺组织，发生出血或感染，囊壁上皮可部分或全部破坏，囊壁近腔面常有胆固醇结晶沉积、肉芽肿形成，囊壁纤维化，并可见胸腺小体。诊断胸腺囊肿时应注意与胸腺瘤囊性变相鉴别。胸腺囊肿囊壁周围可见正常胸腺组织，而胸腺瘤囊性变囊壁内或边缘可找到肿瘤组织。