小肠间质瘤以良性者居多，恶性间质瘤则较为少见。良、恶性间质瘤的组织学鉴别诊断常十分困难。诊断小肠恶性间质瘤的主要依据为肿瘤具备一项肯定性指标，或具备两项及两项以上的潜在恶性指标。肯定性指标有：1、肿瘤发生转移（经组织学证实）。2、肿瘤浸润至邻近脏器。3、大肠间质瘤浸润肌层。潜在恶性指标有：1、胃间质瘤直径大于5.5cm，肠道间质瘤直径大于4cm。2、瘤细胞核异型明显。3、瘤细胞异常丰富；4、胃间质瘤核分裂像＞5个/50高倍视野，肠道间质瘤核分裂像≥1个/50高倍视野。5、肿瘤内出现坏死。6、小上皮样细胞呈巢状和腺泡状排列。