胃肠道原发性绒毛膜癌非常罕见，可发生于胃，也可发生于食管及小肠。诊断小肠原发性绒毛膜癌必须仔细检查身体其他部位有无原发病变，以排除转移性肿瘤的可能。显微镜下见肿瘤内常有广泛的出血、坏死。肿瘤由两种细胞成分所构成。一种细胞为多核巨细胞，胞浆嗜碱性，似合体滋养叶细胞，细胞核多形性及异型性显著。另一种细胞似细胞滋养叶细胞，细胞大小形态一致，细胞核呈泡状，细胞常成簇分布，其外周一侧常有呈帽状分布的合体滋养叶细胞。免疫组化染色见合体滋养叶细胞胞浆表达HCG阳性和胎盘催乳素（HPL）阳性。非滋养叶细胞来源的肿瘤很少表达HPL阳性，HPL可能对于滋养叶细胞为特异性。