小肠原发性鳞状细胞癌以发生于十二指肠较多见。小肠原发性鳞状细胞癌与消化道其他部位原发性的鳞状细胞癌形态相似。显微镜下见瘤细胞呈圆形、多边形及不规则形，胞浆丰富嗜酸性。细胞核较大，形态不规则，染色质深浅不均，核仁明显，核分裂像易见，并有较多的病理性核分裂像。癌细胞呈镶嵌状排列，形成细胞巢或条索。癌细胞间可见细胞间桥，癌细胞可有角化现象并可有角化珠形成。瘤细胞常向肌层内呈浸润性生长。诊断小肠原发性鳞状细胞癌必须满足以下条件：1、肿瘤必须具备明确的向鳞状上皮细胞分化的特点，如瘤细胞排列成巢，瘤细胞间出现较明显的细胞间桥及有角化珠等。2、肿瘤必须明确为恶性，如瘤细胞有明显的异型性，出现核分裂像及坏死，肿瘤呈浸润性生长等。3、肿瘤内无明显异型性的腺上皮、腺体及腺样结构等，以排除腺鳞癌的可能。4、必须系统地做全身检查以完全排除邻近器官或远处脏器发生的鳞状细胞癌直接浸润或转移至小肠的可能。