食管上皮内瘤变为一种重要的癌前病变，常见于浸润性鳞癌周围的邻近组织。按照WHO的标准，食管上皮内瘤变可分为低级别上皮内瘤变和高级别上皮内瘤变。上皮内瘤变的形态学改变集中反映于细胞在形态学方面和排列结构方面出现异常。细胞形态异常特征为细胞核增大，染色加深，细胞的核浆比例增大，细胞核呈不规则形，核分裂像增多。组织结构的异常则表现为上皮细胞失去器官化结构，上皮细胞失去极性。在低级别上皮内瘤变，细胞的异型性较轻，细胞核可轻至中度的增大及呈不规则形，细胞核深染并可出现核分裂像。异型增生的细胞主要局限于上皮细胞层的下半部。在高级别上皮内瘤变细胞的异型性更加明显，异型增生的细胞除了位于上皮细胞层的下半部以外，在上皮细胞层内上半部也有明显的异型性。而原位鳞癌上皮细胞的全层细胞都有明显的异型性，在上皮细胞层的表面无分化成熟的现象。在二级分级系统中，重度的细胞异型增生和原位癌同时归类于高级别上皮内瘤变，两者对于患者在临床方面的意义相同。