食管原发的腺癌比较少见，多与Barrett食管有关，很少起源于食管上段的胃粘膜异位或粘膜下腺体。大体：绝大部分食管原发性腺癌发生于存在Barrett粘膜的食管下三分之一处。邻近肿瘤的区域可见典型的的Barrett食管呈粉红色外观。早期肉眼常见不规则粘膜隆起或小斑块，进展期癌主要为扁平型或溃疡型，三分之一为息肉样型或蕈伞型。偶尔可见肿瘤多灶性生长。显微镜下：主要为分化较好或中等的乳头状或管状腺癌，可有粘液产生（粘液腺癌）或伴内分泌分化，很少有印戒细胞，通常交界处有Barrett食管粘膜且伴粘膜高级别上皮内瘤变。我国的食管癌诊断标准是：1、腺癌组织系来自食管粘膜而非贲门粘膜；2、癌的发生部位与贲门的鳞-柱状上皮交界线有一定的距离；3、癌组织确系腺癌；4、当癌组织分化很差时须有特殊染色证实确实分泌粘液。诊断食管腺癌时应注意与Barrett食管伴腺体高级别上皮内瘤变及胃癌转移相鉴别。Barrett食管伴腺体高级别上皮内瘤变通常无单细胞侵犯，无粘膜下层和粘膜肌层的浸润。