在诊断乳头状癌时只要掌握了下列几个特点不难诊断：1、真性乳头状结构。2、典型细胞核特征。3、砂粒体的存在。4、间质纤维化及淋巴细胞的明显浸润。5、淋巴管浸润等。主要需与乳头状结节性增生、假乳头增生、滤泡癌及转移性乳头状癌相鉴别。在甲状腺肿、滤泡性腺瘤以及甲状腺机能亢进症中可见结节性和弥漫性乳头状增生。可根据以下几个方面鉴别：1、良性乳头状增生常缺乏明显的纤维血管轴心，如在甲状腺机能亢进时，常遇到增生的乳头突向滤泡腔内，但非真性乳头。2、乳头分支少，多在二级以下。3、乳头被覆上皮常为单层立方，核较小，外形较规则，缺乏乳头状癌的细胞核特点。在滤泡性腺瘤和结节性甲状腺肿囊性变的过程中遗留的部分滤泡，突出于囊壁，构成由滤泡连接形成的假乳头。其与真性乳头不同之处在于：乳头粗大，顶端钝圆，其轴心不为纤维脉管，而为滤泡。乳头状滤泡型癌主要根据细胞核的特征与滤泡癌鉴别。如细胞核呈毛玻璃状、具核沟和核内假包涵体，则有助于滤泡型乳头状癌的诊断。除此之外，如伴有砂粒体、间质纤维化以及淋巴管的浸润，则易区分。发生在其他部位的乳头状癌转移到甲状腺时，有时其形态很似甲状腺乳头状癌，应根据甲状腺乳头状癌细胞核的特征加以鉴别。