细胞内包裹的异常物质，通常称为包涵体(inclusion)。常见的是核内包涵体，即在细胞核内固有结构之外的其他物质，最多见的是细丝状、片状、结晶状或无定形的蛋白质包涵体。有时在细胞质内也可以看到包涵体。看到核内包涵体，要注意区分其真假包涵体。

病毒感染时相当可靠的诊断标志是病毒包涵体。病毒在增殖过程中，常在宿主细胞内形成一种蛋白质性质的病变结构，即包涵体，一般是由完整的病毒颗粒或尚未装配的病毒亚基聚集而成，少数则是宿主细胞对病毒感染的反应产物，不含病毒粒子。在光学显微镜下，包涵体多为圆形、卵圆形或不定形。病毒性核内包涵体周围通常有空晕，形成所谓鹰眼样表现，以巨细胞病毒(CMV)感染最为典型，而肿瘤性包涵体没有这种现象。受到病毒感染的细胞不限于巨噬细胞，内皮细胞、上皮细胞等也可受累。

有些病毒仅形成胞质内包涵体，如呼吸道合胞病毒、SARS冠状病毒，HBV在胞质内形成包涵体，使肝细胞呈毛玻璃样。天花病毒、狂犬病病毒、副流感病毒、腮腺炎病毒、呼吸道合胞病毒、呼肠孤病毒(Reovirus)、脊髓灰质炎病毒，均可在胞质内形成嗜酸性包涵体。

有的病毒在胞质和胞核内都可以形成包涵体，如CMV主要形成核内包涵体，有时在胞质内也可以见到小包涵体。因被感染细胞变大，核内和胞浆内出现包涵体，故又称巨细胞包涵体病。麻疹病毒包涵体也见于胞质和胞核内，均为嗜酸性。

有些病毒仅在胞核内形成包涵体。如单纯疱疹病毒(HSV)胞核内嗜酸性染色的包涵体，水痘-带状疱疹病毒感染也于上皮细胞核内形成嗜酸性包涵体；腺病毒则形成嗜碱性包涵体。

有的包涵体还具有特殊名称，如天花病毒包涵体叫顾氏（Guarnieri）小体。狂犬病病毒在脑神经细胞胞质内形成嗜酸性的包涵体，又叫“内基氏小体” (Negri body)。传染性软疣的病毒包涵体比较醒目，叫做软疣小体。

核内包涵体常常很少，在光镜下不易发现。用免疫组化标记有助于发现和鉴别包涵体的性质。①用上皮细胞、组织细胞、内皮细胞或淋巴细胞等标记识别含有包涵体的细胞属性；②用不同病毒的抗体识别各种病毒，具有特异性，易于发现包涵体并能鉴别病毒类型，其炎症背景也有助于排除肿瘤。有些特殊染色也有助于鉴别病毒包涵体，如Giemsa染色法可显示多种病毒包涵体:SARS病毒包涵体于肺细胞胞浆中呈现鲜红色；合胞病毒、CMV包涵体于肺组织的细胞核内，在没有形成包涵体前呈鲜红色，形成包涵体后呈深紫色至蓝色。电镜检查对确认病毒感染更有其独到的作用。