在欧美国家，原发性肝脏恶性病变仅占所有胃肠道恶性病变的2－3％，而肝的转移性肿瘤则大大超过此数。肝细胞癌占原发性肝恶性病变的90％。在非洲部分地区和远东地区，肝细胞癌较为常见。

一些肝细胞癌可辨认与正常类似的肝细胞或肝小叶，但假腺样结构、透明细胞样变和低分化使分辨难度增加，需与胆管癌、罕见的合并肝细胞和胆管癌及转移性癌鉴别。肝细胞癌硬化型和胆管癌类似。伴有胆管分化的肿瘤可能保留肝细胞的某些分子特征，如表达Albumin mRNA。

对于肝细胞癌来说AFP具有特异性，但缺乏敏感性。AFP对诊断低分化肝细胞癌有用，AFP在其中阳性表达更为常见，但由于缺乏小管而不能显示P－CEA和CD10的特异染色模式。

CD10和多抗CEA在肝细胞癌中显示特异小管染色模式，也可联合非小管性膜染色和胞质染色，它们对肝细胞癌无特异性。CD10的小管免疫反应性具有特异性，但P－CEA和ISH^白蛋白缺乏敏感性。如果实验室没有多抗CEA，它们也许有用。

肝细胞癌通常表现单克隆CEA阴性，而84%的所有类型的癌可表达阳性。

ISH^白蛋白并不完全具有特异性，也可偶尔在胆管癌和胆囊腺癌中阳性表达。但是除原发性肝肿瘤外，不伴有肝样分化特征的其它肿瘤表现ISH^白蛋白阴性。

Hep Par1对肝细胞癌也许是一个有用的标志物，尽管一些胆管癌也表达阳性。

Ber-Ep4在肝细胞癌中呈阴性，但是在许多腺癌中表达阳性，包括胆管癌。

CK7、CK19和CK20在多数肝细胞癌中缺乏表达，但是在许多腺癌中表达阳性，包括胆管癌。而类似HCC的肾上腺和肾癌表现CK7和CK20阴性。TTF-1胞质染色阳性有助于肝细胞癌的诊断。

α-1-antitrypsin,α-1-antichymotrypsin,XIII因子,铁蛋白血液抗原，fibrinogen,白蛋白均可作为标志物应用于肝细胞癌，但成功率不大。

组织化学染色显示肝细胞分泌胆汁的敏感性低（5－33％），胆管癌和转移性腺癌常分泌mucin，肝细胞癌少见。

肝细胞癌中有关laminin免疫反应性的报道有争议，也可在胆管癌中表达。

有关肝细胞表达factorXIII,inhibin的报道可能有错误。

有报道胆管癌中甲状旁腺激素相关肽表达阳性，而在肝细胞癌和转移性腺癌中不表达，这需要证明。乳腺癌中常阳性表达。

chromograninA在胆管癌中表达阳性，在肝细胞癌中染色很弱，但在胃肠癌中chromogranin可能表达阳性。