有一组标记物可用于鉴别乳腺原发性腺癌。GCDFP具有高度特异性（当排除涎腺、皮肤附属器和前列腺癌时，特异性可达到98%）但敏感性相对较低（62-77%）。GCDFP和WT-1可用于鉴别乳腺癌和非粘液性卵巢癌。如果临床可排除原发性卵巢癌，GCDFP或类固醇激素受体（ER和PR）阳性可增加乳腺癌的敏感性至83%。关于肺和胃癌的类固醇激素受体表达的文献资料存在争议。但是总的来说，ER和PR阳性倾向于乳腺癌的诊断。Lee等的研究发现在ER和PR均阳性的病例中乳腺癌的敏感性达到84%。在一项研究中，GCDFP或类固醇激素受体表达阴性的乳腺癌呈CEA表达阴性（1例除外）。但该研究结果解释需要谨慎。CK20阳性几乎可以排除乳腺原发灶的诊断。TTF-1或CDX-2阳性也可排除乳腺原发灶的诊断。