食管

鳞状细胞癌：CK阳性，亦可表达P53、EGFR、CyclinD1、p63和CK5/6，共表达对鉴别分化极差的鳞状细胞癌十分有用

腺癌：CK7和CK19常为阳性，一般不表达CK20

内分泌肿瘤：NSE阳性

小细胞癌(低分化内分泌肿瘤)：NSE、Syn、CgA和Leu7通常阳性，部分病例Calcitonin和ACTH为阳性

平滑肌肿瘤：弥漫表达desmin和SMA，不表达CD34和CD117；desmin和(或) α-SMA阳性，CD117和S-100蛋白阴性

GIST：CD117和CD34阳性，部分病例可有不同程度的SMA表达，一般不表达desmin和S-100蛋白

胃

炎性纤维性息肉：vimentin、CD34和Bcl-2阳性，actin和CD68也可呈阳性反应

胃癌：

神经内分泌肿瘤：

GIST：大部分表达CD117，大约70%-80%CD34阳性，30%-40%α-SMA局灶性或弥漫性，极少数desmin阳性(<5%)，极少数S-100蛋白阳性(<5%，且多为弱阳性)

平滑肌瘤和平滑肌肉瘤：弥漫表达desmin和SMA，但CD34和CD117为阴性

血管球瘤：SMA阳性，CK阴性

神经鞘瘤：S-100蛋白阳性，desmin、actin和CD117均为阴性

MALT淋巴瘤：表达全B细胞标志CD20和CD79α以及未成熟B细胞的标志CD21和CD35，不表达CD10、Bcl-2常为阳性，亦可表达CD43，但CD5和CD23均为阴性

套细胞淋巴瘤：表达B细胞标志以及CD5和CyclinD1

伯基特淋巴瘤：除了全B细胞标志外，瘤细胞尚表达CD10，Ki-67几乎100%

小肠

腺癌：CEA和溶菌酶阳性，十二指肠腺癌MUC1多为阳性，CK20阴性；空/回肠：腺癌CK20为阳性，MUC1为阴性

阑尾

黏液性囊腺瘤：CK通常为阴性

腹膜假黏液瘤：黏液成分MUC2染色阳性

腺癌：黏液标志物中MUC2表达阳性、MUC5AC在2/3的病例中为阳性反应，MUC1、MUC6多为阴性，上皮标志中CK8/18、CK13、CK19和CK20为阳性，CK7和CK14多为阴性，P53阴性

内分泌肿瘤：类癌：CgA、NSE、血清素和P物质为阳性，CEA、TIF-1、CK7多为阴性

L细胞类癌：CgB、Syn、CEA、glucagon和YY肽可为阳性，黏蛋白和CgA多为阴性

杯状细胞类癌：CEA、CK、溶菌酶、CgA、血清素、Syn等标志免疫组化染色阳性

大肠

肛管

Paget病：CK7通常阳性

涎腺

多形性腺瘤：腺管结构内层细胞主要表达上皮标记物(如CK阳性，肌上皮细胞对上皮和间叶成分标记物呈双重表达，如CK、actin、vimetin、S-100蛋白、GFAP阳性，而黏液软骨样结构主要表达间叶成分，如actin、vimentin、S-100蛋白、GFAP阳性

肌上皮瘤：CK、S-100蛋白、GFAP、Vimentin和SMA阳性

基底细胞腺瘤：导管内衬上皮细胞EMA和CK阳性，部分细胞淀粉酶和乳铁蛋白阳性，导管和小梁状结构外围细胞Vimentin和actin呈阳性反应，基底膜样物质纤维连接蛋白和IV型胶原阳性

Warthin瘤：淋巴样组织CD20、CD56、CD3、CD4和CD8阳性

管状腺瘤：CK、vimentin和S-100蛋白表达，对肌源性标记物呈阳性反应

腺泡细胞癌：对淀粉酶抗体、α-糜蛋白酶抗体和Leu-M1抗原呈阳性反应

黏液表皮样癌：CK、CEA(黏液细胞)

腺样囊性癌：Ki-67

多形性低度恶性腺癌：actin、S-100蛋白、Vimentin、EMA、CK和基膜成分阳性

上皮-肌上皮癌：导管内衬细胞CK、淀粉酶和溶菌酶阳性；透明细胞肌上皮标志物actin、HHF35、S-100蛋白、p63和/或钙调蛋白阳性

非特异性透明细胞癌：CK阳性，肌上皮细胞标记物阴性

基底细胞腺癌：栅栏细胞呈CK阳性，常有S-100蛋白、EMA和CEA灶性阳性

黏液腺癌：CKAE1/AE3、CK7、8、18和9表达，CK5/6、10、14、17和SMA阴性

嗜酸细胞癌：Ki-67、α1-抗胰蛋白酶

涎腺导管癌：高分子量CK、CEA、Leu-M1和EMA呈阳性

肌上皮癌：诊断需要CK和至少一种肌上皮标志，包括SMA、GFAP、CD10、钙调理蛋白(Calponin)和平滑肌肌球蛋白重链

涎腺小细胞癌：至少表达一种神经内分泌标志，如CgA、Syn、CD57、CD56和NF，CK常呈特征性的核旁点状阳性反应

大细胞癌：部分大细胞癌可有一种神经内分泌标记为阳性，如CgA、Syn、CD57或CD56

肝脏

肝细胞腺瘤：大于75%的腺瘤可检出ER和PR，仅有20%的病例出现AR，大多上皮膜抗原阴性

肝细胞癌：约1/4肝细胞癌表达AFP，肝细胞癌也可出现ER和PR，肝细胞癌一个重要的诊断特征为肿瘤细胞之间出现胆小管结构，可通过多克隆CEA抗体，CD10或低分子量CK染色显示

肝内胆管癌：广谱CK、CEA和EMA阳性

肝母细胞瘤：常呈出现P53过表达，CK、EMA、Vimentin、多克隆CEA、Hep-Par-1、AFP、HCG以及转铁蛋白受体阳性

上皮样血管内皮细胞瘤：可出现局灶内皮细胞标记物阳性

血管肉瘤：CD31、CD34以及其他内皮性标记与其他恶性肿瘤鉴别

血管平滑肌脂肪瘤：HMB45阳性、SMA、结蛋白、Vimentin及S-100阳性程度不等，瘤细胞上皮性标记阴性

胆囊与肝外胆管

类癌：CgA、NSE阳性，血清素、胃泌素及生长抑素亦可阳性

小细胞癌：EMA、AE1/AE3和CEA等上皮标志以及NSE、CgA、Leu7、血清素、生长抑素、ACTH等内分泌标志阳性反应

胰腺和壶腹周围部

胰腺导管腺癌：大部分导管腺癌表达MUC1、MUC3和MUC5/6，此外尚可检测到CA199、Du-Pan2、Span-1、CA125和TAG72

正常胰腺和胆管上皮细胞表达CK7、8、18、19，偶尔表达CK4，腺泡细胞仅表达CK8/18，而胰腺细胞则表达CK8/18，有时表达CK19，导管腺癌的CK表达谱系与正常导管疾病相同，但50%以上可表达CK4，CK20通常为阴性，而非导管型胰腺肿瘤(如腺泡细胞癌和内分泌肿瘤)表达CK8、18、19，胃肠道癌表达CK8、18、19和20，这种不同的CK表达谱系特征在鉴别诊断中有一定的帮助

浆液性微囊性腺瘤：EMA、CK7、8、18、19为阳性，此外CA199和B72.3可有局灶性表达，CEA、胰蛋白酶、CgA、Syn、S-100蛋白、desmin、Vimentin和actin等位阴性

胰腺黏液性囊性肿瘤：上皮成分表达EMA、CEA、CK7、8、18、19，间质表达Vimentin、α-SMA、desmin以及ER和PR；黄素化的细胞可表达酪氨酸羟化酶、Calretinin和inhibin等

胰腺导管内乳头-黏液肿瘤：大部分肿瘤表达EMA及相应的CK，同时c-erB-2的过表达，肿瘤中一颗出现部分内分泌细胞，但<5%< p="">

腺泡细胞癌：表达胰蛋白酶、糜蛋白酶、脂酶和弹性蛋白酶，此外尚可有局灶性的内分泌和导管分化标志物表达

胰岛素瘤：CD31染色有助于判定血管浸润的存在

胰高血糖素瘤：胰高血糖素通常为弱阳性，亦可表达源于胰高血糖素原的多糖(胰高血糖素、胰高血糖素样肽-1和-2)

生长抑素瘤：几乎所有肿瘤Syn均为弥漫强阳性，CgA的表达率稍低，生长抑素亦为阳性

胃泌素瘤：胃泌素和一般的神经内分泌标志均为样

血管活性肠肽瘤：大多数肿瘤表达Syn、CgA和VIP，部分可表达PHM和PP

分泌5-羟色胺的肿瘤：血清素表达阳性

产生ACTH和其他异位激素的肿瘤：免疫组化科检测到瘤细胞分泌的激素，但表达强度和范围不等

非功能性肿瘤和微腺瘤：Syn、CgA、CD56和CD57多为阳性

低分化内分泌癌：Syn和PGP9.5多为弥漫阳性，CgA多为阳性或仅有灶性的弱表达，没有肽类激素的表达，Ki-67指数多大于10%，且经常在50%以上

胰腺细胞瘤：胰蛋白酶、糜蛋白酶和脂酶阳性，此外在2/3病例可有灶性内分泌标志物表达(如CgA和Syn)，50%以上病例可检测到导管分化标志(如CEA、DUPANC2或B72.3等)，在大部分病例中表达腺泡标志物的细胞要多于内分泌细胞或具有导管分化的细胞

实性-假乳头状肿瘤：α1-抗胰蛋白酶、α1-抗糜蛋白酶、NSE、vimentin和PR通常为阳性，此外尚可不同程度表达上皮标志，Syn、胰腺酶、胰岛细胞激素以及CEA、CA1999和AFP等

胰腺间叶肿瘤：CD34表达；KIT和desmin不表达；actin灶性表达

壶腹部肿瘤

腺癌：源于胰腺导管/胆总管上皮的癌：MUC1、CK7、MUC5AC和CK17阳性，MUC2、CDX2和CK20阴性；起源于小肠黏膜的癌：MUC2和CDX2阳性，MUC1、MUC5A、CD1、CK7和CK20阴性

肝样癌：AFP和CEA呈阳性反应

混合性腺泡-内分泌癌：淀粉酶、胰蛋白酶和Syn为阳性反应

腹膜

间皮瘤：Calretinin、WT-1、Ker5/6、Throbomodulin阳性，Ber-EP4、CA199、Leu-M1、B72.3、MPC-31阴性，如Ber-EP4阳性则支持不是间皮瘤而是癌的诊断

腹腔内促纤维组织增生性小细胞肿瘤：特征性地同时表达上皮、肌肉及神经标记物，角蛋白、EMA、desmin、NSE、WT(c-19)阳性；而WT(180)、actin、myogenin、CD99、Calretinin、thrombomodulin一般阴性