软组织肉瘤( soft tissuesarcoma,STS )是一类起源不同，形态学复杂多样的恶性肿瘤。显微镜下的形态学评估一直是肉瘤诊断的金标准。而软组织肿块的鉴别诊断包括其他恶性病变（如原发或转移癌、黑色素瘤、淋巴瘤等）、硬纤维瘤和良性病变（如脂肪瘤，淋巴血管瘤、平滑肌瘤、神经瘤等）。因此肉瘤的组织学类型通常很难直接根据形态学确定，虽有免疫组织化学和电镜等辅助手段，但常由于缺乏特异性，使其诊断、分类和鉴别诊断成为临床病理诊断中面临的主要困难之一，尤其分化差的软组织肉瘤难于确定起源，容易造成误诊。分子基因分析是一种新兴的很有效的辅助诊断方法，因为很多肉瘤亚型具有特征性的遗传变异，包括单个碱基对替换、缺失或扩增、易位等。大部分的分子测定都是利用荧光原位杂交(FISH)和聚合酶链反应(PCR)技术，目前已发现的肉瘤基因变异，见下表1：（引用2011年NCCN软组织肉瘤诊疗指南

这些特异的易位或特征性遗传学改变也为肉瘤分型、预后判断，并为治疗提供预测因子提供了帮助。随着个体化治疗的发展，肉瘤相关的遗传学异常也成为了新的治疗方案的潜在治疗靶点。因此，分子基因分析不仅广泛用于诊断，也在分子靶向药物治疗方面有显著价值。王鲁平等在一项研究中明确指出：FISH已成为美国许多病理实验室的常规工作。FISH可用于福尔马林固定的小标本诊断, 尤其是伴有染色体易位缺失的疾病。FISH DNA探针可覆盖较大(数个kb)区域, 比PCR引物对染色体易位的确定更有价值，文中还指出FISH技术在软组织肉瘤中的应用。因此，在软组织肉瘤诊断中，FISH检测成为了一种不可或缺的辅助检测方法。

1. FISH与软组织肉瘤诊断 细胞遗传学或分子生物学研究显示，在70%-80%的腺泡状横纹肌肉瘤中可检测到特异性的染色体易位，分别是t(2;13)(q35;q14)和t(1;13)(p36;q14)；形成PAX-FKHR融合基因；90%的尤因肉瘤中存在t(11;22)(q24;q12)染色体易位，形成EWS-FLI1融合基因；90%的滑膜肉瘤中存在t(X;18)(p11;q11)易位，形成SS18-SSX融合基因；95%的黏液样/圆细胞型脂肪肉瘤有t(12;16)(q13;p11)染色体易位，形成FUS-DDIT3融合基因等。利用FISH技术检测这些特异性的染色体易位有助于软组织肉瘤的诊断。

2. FISH与软组织肉瘤的分型 WHO将脂肪肉瘤分为5种亚型：分化好的脂肪肉瘤(WDLS)、黏液性脂肪肉瘤(MLS)、圆形细胞脂肪肉瘤(RVLS)、去分化脂肪肉瘤(DLS)和多形性脂肪肉瘤(PLS)。WDLS的恶性程度低，局部切除后很少复发，几乎不发生转移。而RVLS、DLS、PL有明显的转移潜力，所以区分它们非常重要。而不同亚型的脂肪肉瘤含有不同的染色体变异，利用FISH技术检测相应的染色体变异有助于软组织肉瘤的分型。同时，WDLPS 与良性脂肪性肿瘤以及恶性梭形/ 多形未分化肿瘤的鉴别一直是个难题，而良性脂肪性肿瘤中未发现染色体变异，因此，FISH检测也有助于软组织肉瘤的鉴别诊断。

3. FISH与软组织肉瘤的靶向治疗 据2011年出版的Cancer（Princiles&Practiceof Oncology）专著，该著作对各类型肉瘤的基因变异及临床病理特征进行了科学总结，归纳如下(表2)。利用FISH技术检测某些特异性的染色体变异，可以对软组织肉瘤进行指导治疗。

4 .FISH与软组织肉瘤预后 在已有转移的腺泡状软组织肉瘤患者中，融合基因为PAX7-FKHR者的预后要好于PAX3-FKHR者。利用FISH检测可以对某些软组织肉瘤进行预后判断。

常用探针列表：

前已发现的肉瘤基因变异，见下表1：（引用2011年NCCN软组织肉瘤诊疗指南）