深部掌跖疣属感染性皮肤病，由Ⅰ型HPV所致。肉眼观察：皮损为足跖部的限局性的类圆形角质斑块。角化明显，粗糙不平；灰褐色或污灰色；境界清楚；损害表面不高起，中央部分稍凹，周围绕以稍高的角质环；压痛明显。透过角质层可见中央乳白色芯，周围常有散在小黑点，此系乳头层血管破裂，微量出血凝固所致。光镜下：整个损害因挤压“下沉”至真皮内。角质层增厚，并有广泛的角化不全和大量的嗜伊红性透明角质颗粒（正常的透明角质颗粒为嗜碱性）；颗粒层基本消失；棘层上部的空泡化细胞明显。嗜伊红透明角质颗粒在表皮深部已出现，至表皮浅层时明显增大并互相融合成大而不规则的均质性“包涵体”，可能系角蛋白相互融合所致。组织学上，根据掌跖部损害，有空泡化细胞及嗜伊红透明角质细胞颗粒，即可诊断为本病。诊断深部掌跖疣时应注意与跖部疣状癌相鉴别。跖部疣状癌初期似难治的跖疣，为隆起性生长，向深部穿透性生长，形成很多的深的隐窝，其中充满角质物和脓，该病也可继发于原有的慢性溃疡和化脓性汗腺炎的引流窦道。病理上，其浅表部分与疣相似，表现为角化过度、角化不全和棘层肥厚。瘤细胞位于棘层的下部，呈宽索状向下侵袭，中央常含有角蛋白囊肿。核的非典型性可不明显，但有时有个别细胞角化不良和角化珠。