上皮内瘤变可分为低级别上皮内瘤变及高级别上皮内瘤变。胆囊上皮内瘤变并不少见。胆囊上皮内瘤变肉眼观察时常无特殊改变。由于上皮内瘤变常表现为小的菜花样物隆起于胆囊腔内。在部分病例由于慢性炎症和纤维组织增生，胆囊壁仅显示增厚和硬化。显微镜下：胆囊上皮内瘤变可分为乳头型和扁平型，其中以扁平型多见。乳头型的特征为异型的细胞被覆于短小纤维血管轴心上。1、胆囊低级别上皮内瘤变：常起始于粘膜上皮的表面，逐渐向下延伸至罗-阿氏窦及化生的幽门腺。其特点为细胞呈立方形及柱状，伴有不同程度的核异型性。细胞核极性消失，偶有核分裂像。异型的细胞常排列成单层，也可呈假复层。以后可形成乳头状结构，乳头表面被覆异型的上皮细胞。细胞核增大，呈圆形、卵圆形及梭形，有1-2个核仁。细胞浆常呈嗜酸性，含有非硫酸性和中性粘液。在三分之一的病例可见杯状细胞。可见正常的柱状细胞突然变成上皮内瘤变的细胞。通常异型增生的细胞形态一致。上皮内瘤变常广泛累及粘膜。上皮内瘤变的细胞表达CEA和CA19-9阳性，有些病例表达p53。2、高级别上皮内瘤变及原位癌：原位癌的特点为细胞具有恶性的形态学特点，表现为细胞核大，大小不一，染色深，形态不规则，常可见核分裂像，细胞核拥挤，排列成假复层。异型的细胞首先见于表面上皮细胞，以后累及皱褶内上皮细胞和窦化生的腺体。腺体呈背靠背，位于固有膜内，并常与表面的上皮细胞相延续。有时可形成明确具有纤维血管轴心的小乳头，乳头表面被覆异型的上皮细胞。高度上皮内瘤变和原位癌不可区分。但这并不重要，因为两者在生物学行为方面非常相似。诊断胆囊上皮内瘤变时应注意与上皮反应性增生相鉴别。反应性增生的上皮细胞改变与上皮内瘤变的鉴别点在于反应性上皮细胞呈多形性，其可为柱状的分泌粘液的细胞、低立方的上皮细胞、萎缩的上皮细胞和笔杆状细胞。细胞之间的形态常呈逐渐移行过渡状况，而上皮内瘤变则与周围上皮细胞之间突然发生变化。反应性增生细胞的异型性较轻，不表达p53，上皮内瘤变则常表达p53阳性。