肛门区域的腺癌可来源于直肠粘膜下端粘膜的柱状上皮细胞、肛管移行带上皮的粘液分泌细胞、肛导管以及肛周皮肤的大汗腺等。起源于肛导管的腺癌称为肛导管癌，又称为肛周粘液腺癌。患者多有长期肛瘘及肛脓肿的病史。肿瘤好发于直肠窦肛导管开口处，肿瘤常呈息肉状隆起，表面可有浅表小溃疡形成，肿瘤生长较为缓慢，有沿肛导管于肛管壁内向外下扩展的倾向，肿瘤可浸润坐骨直肠窝。显微镜下：肿瘤常为高分化粘液腺癌，伴有大量粘液形成，有些病例可为粘液表皮样癌，其形态与发生于涎腺者相似。其PAS染色呈强阳性，而PBS/PAS染色呈阴性，其所分泌的粘液组织化学染色结果与肛导管粘液细胞所分泌的粘液相同，而与直肠癌分泌的粘液不同，有助于两者的鉴别诊断。有时肛导管癌可形成实性移行上皮细胞样癌。