胃真菌感染常为全身性真菌感染的一部分，仅次于肺及肠道。原发于胃者罕见。胃真菌感染以曲霉菌为最多见，其次为毛霉菌，少数为念珠菌，也可混合感染。肉眼观察常呈两种形态改变，一种为巨大溃疡型，直径一般在3厘米以上，溃疡表面为暗红色或污秽的灰白色坏死物，临床上往往误诊为癌。另一种表现为粘膜广泛充血，有大小不等的结节性隆起。显微镜下可见溃疡底部和周围粘膜中有真菌菌丝或孢子。毛霉菌菌丝最粗大，直径为6-40微米，长而无隔，有分支，有清楚的膜，排列紊乱。曲霉菌菌丝较细，直径为5-11微米，分支较多，有隔，常呈放射状排列。念珠菌则常呈卵圆形出芽的孢子，直径在2-4微米，菌丝细长，有隔，分支少。各种菌丝PAS染色皆呈红色。菌丝的周围有大量中性粒细胞浸润，形成脓肿。还可见巨噬细胞、嗜酸性粒细胞浸润，并有多核巨细胞反应及菌丝被吞噬现象，菌丝常侵入血管壁，并形成血栓。引起胃粘膜坏死。诊断时对真菌种类识别较难，最好进一步作真霉培养确诊。