第三脑室胶样囊肿：CK和EMA阳性

Rathke裂囊肿：CK和EMA阳性

内胚层囊肿：上皮细胞CK、EMA、CEA阳性，有些细胞S-100蛋白阳性

表皮样和皮样囊肿：上皮细胞CK和EMA阳性

蛛网膜囊肿：脑膜脾细胞EMA阳性

星形细胞肿瘤

毛细胞型星形细胞瘤：GFAP阳性

毛黏液样型星形细胞瘤：GFAP、S-100蛋白和Vimentin强阳性，一些肿瘤Syn阳性，但NF和CgA阴性

弥漫型星形细胞瘤：GFAP、S-100蛋白和Vimentin阳性

胶质母细胞瘤：GFAP与分化呈正相关

大脑胶质瘤病：GFAP和S-100蛋白结果不一

少突胶质肿瘤

少突胶质细胞瘤：S-100蛋白、OLIG-2和GFAP

室管膜肿瘤

室管膜下瘤：GFAP可存在但强弱不等

黏液乳头型室管膜瘤：GFAP、S-100蛋白和Vimentin阳性，CK阴性

室管膜瘤：EMA、nestin、GFAP、S-100蛋白和Vimentin表达

间变型室管膜瘤：GFAP染色强度可降低

脉络丛乳头状瘤：几乎所有都表达CK和Vimentin、S-100蛋白存在于约90%病例，EMA阴性，GFAP在正常脉络丛上皮细胞不表达，但25%-55%脉络丛乳头状瘤阳性

星形母细胞瘤：GFAP、EMA、Vimentin和S-100蛋白阳性

第三脑室脊索样胶质瘤：GFAP和Vimentin弥漫强阳性

血管中心性胶质瘤：GFAP、S-100蛋白和Vimentin阳性，EMA点状阳性

婴儿促纤维增生型星形细胞瘤/节细胞胶质瘤：表达GFAP和Vimentin(胶质成分)Syn、NF-H和III型碱性管蛋白(神经分化成分)

节细胞瘤和节细胞胶质瘤：MAP2、NeuN、NF和Syn等神经元标记蛋白可用于标记节细胞胶质瘤中的神经成分，GFAP染色显示节细胞胶质瘤中的瘤性星形细胞成分，74%的节细胞胶质瘤表达CD34

中枢神经细胞瘤和脑室外神经细胞瘤：Syn、NSE、NF等神经标记物阳性

小脑脂肪神经细胞瘤：NSE、Syn和MAP-2阳性，脂肪细胞表达神经元标志物和GFAP

第四脑室形成菊形团的胶质神经元肿瘤：胞质和突起表达MAP2和NSE、GFAP和S-100蛋白可在胶质成分表达

脊髓副神经节瘤：CgA、Syn、NSE阳性，支柱细胞S-100蛋白和GFAP阳性，瘤细胞也可显示S-100蛋白不同程度阳性

松果体细胞瘤：Syn和NSE强阳性

中分化松果体实质瘤：Syn和NSE阳性

松果体母细胞瘤：Syn、NSE、NF、CgA和视网膜S-抗原阳性

松果体区乳头状瘤：CK阳性

髓母细胞瘤：神经标记物III类β-tubulin，微管联合蛋白2，NSE和Syn阳性，胶质细胞分化细胞GFAP阳性

PNET：表达许多神经细胞表型标记物，包括Syn、III类β-tubulin和NF，大脑神经母细胞瘤也表达S-100蛋白、NSE、Leu-7等

髓上皮瘤：神经上皮成分巢素和Vimentin阳性、星形细胞分化的瘤细胞GFAP阳性

室管膜母细胞瘤：S-100蛋白、Vimentin、CK和GFAP阳性

非典型畸胎样/横纹肌样细胞常表达EMA和Vimentin，表达SMA少见，GFAP、NF、Syn和CK表达常见

神经鞘瘤：核S-100蛋白阳性，灶性GFAP阳性

神经纤维瘤：S-100蛋白阳性细胞比神经鞘瘤少

神经束膜瘤：Vimentin和EMA阳性，残存的神经鞘NF和S-100蛋白阳性

恶性外周神经鞘瘤：50%-70%的MPNST散在表达S-100蛋白，腺管型CK和CEA阳性、神经内分泌物标记如CgA、生长抑素和血清素染色可阳性

脑膜肿瘤

脑膜瘤：大部分表达EMA，在非典型和间变型阳性少见，Vimentin在各型均可阳性，有些S-100蛋白阳性，但阳性一般不强，分泌型假砂粒体CEA强阳性，假砂粒体周围细胞CK阳性

血管周细胞瘤：Vimentin(85%)、Leu-7(70%)和33%-100%病例CD34阳性，Desmin灶性阳性，SMA和CK偶尔也可阳性，细胞外基质层粘连蛋白和IV型胶原阳性

黑色素细胞病变：HMB45和S-100蛋白阳性

血管母细胞瘤：血管内皮细胞表达von Willebrand因子、CD31和CD34、间质细胞表达NSE和Vimentin

生殖细胞瘤：PLAP，合体滋养细胞表达β-HCG，人胎盘催乳激素和CK

神经垂体颗粒细胞瘤：CD68、S-100蛋白、α1-抗糜蛋白酶阳性

垂体细胞瘤：Vimentin、S-100蛋白及GFAP阳性

腺垂体梭形细胞嗜酸细胞瘤：Vimentin、EMA、S-100蛋白以及抗线粒体1B-1阳性

垂体

垂体腺瘤：GH、PRL、ACTH、TSH、FSH、LH

催乳素细胞腺瘤：Syn、CgA、PRL阳性

垂体癌：CgA和Syn

神经节细胞瘤：CgA、Syn和NF阳性，胶质成分GFAP和S-100蛋白阳性，节细胞成分可以不同程度表达下丘脑标记物，如GnRH、GHRH、生长抑素、TRH、CRH和VIP