基底细胞癌：肿瘤细胞表达低分子量CK、但EMA、CEA、involucrin通常阴性。肿瘤周围基底膜表达层粘连蛋白、IV型、V型胶原和大泡性类天疱疱抗原。

鳞状细胞癌：表达高分子量CK、外皮素、EMA、CEA，低分化鳞癌也可以表达Vimentin，鳞状细胞癌不表达BerEP4。

恶性黑色素瘤：单克隆抗体HMB45、S-100蛋白抗体染色阳性。

附属器肿瘤：管状癌：表达低分子量CK；微囊性附属器癌：肿瘤细胞胞质AE1/AE3、CK7和Bcl-2；汗孔癌：肿瘤性结节为混合CK阳性，肿瘤内导管结构为CEA和EMA强阳性；腺样囊性癌：免疫组化EMA、CEA、广谱CK和低分子量CK阳性；大汗腺癌：肿瘤细胞表达低分子量CK、EMA、CEA、CK15和GCDFP-15；Paget病：低分子量CK、EMA阳性。

伴毛囊分化的恶性肿瘤：增生性毛根鞘肿瘤：肿瘤表达胚胎期毛根CK和CK7.

淋巴造血组织肿瘤

(一)成熟T细胞和NK细胞肿瘤

蕈样肉芽肿：CD2、CD3、CD4、CD5和CD45RO阳性，CD8和CD30阴性。

Sezary综合征：浸润细胞CD2、CD3、CD4、CD5和CD45RO阳性，CD8和CD30阴性。

肉芽肿性皮肤松弛症：肿瘤CD3、CD4和CD45RO阳性。

CD30阳性T细胞淋巴增生性疾病：CD30。

淋巴瘤样丘疹病：小淋巴样细胞为活化Th细胞表型，CD3和CD4阳性，CD8阴性；淋巴样细胞表达CD30阳性，CD7阴性；10%不典型淋巴样细胞有TCR重排。

皮肤原发大细胞间变性淋巴瘤：约75%肿瘤表达CD30抗原、肿瘤细胞表达T细胞相关抗原CD2、CD3、CD4、CD45RO和活化标记物CD25、CD30、CD71、HLA-DR。

皮下脂膜炎样T细胞淋巴瘤：肿瘤细胞常CD8阳性。

皮肤αδT细胞淋巴瘤：肿瘤细胞表达CD3和CD2，但CD5常为阴性。

皮肤原发侵袭性亲表皮性CD8阳性细胞毒性T细胞淋巴瘤：表达βF1、CD3、CD8、粒酶B、穿孔素和TIA-1，但CD2、CD4、CD5和EBV通常阴性。

成人T细胞淋巴瘤/白血病：CD3、CD4、CD25、CD45RO、不表达CD7、CD8、CD19和CD20。

结外NK/T细胞淋巴瘤，鼻型：CD2、CD56、CD43，表面CD3阴性，胞质CD3ε阳性，细胞毒性颗粒阳性。

牛痘样水疱病样T细胞淋巴瘤：CD2、CD3、CD8、CD43、CD45RO、TIA-1和粒酶B；不表达CD4、CD5和CD7。

(二)成熟B细胞肿瘤

皮肤边缘带B细胞淋巴瘤：CD19、CD20、CD22、CD79α和Bcl-2，但不表达CD5、CD10、Bcl-6和CD23。

皮肤滤泡中心淋巴瘤：CD19、CD20、CD22，通常表达Bcl-6，但不表达Bcl-2。

皮肤弥漫大B细胞淋巴瘤：CD20、CD79α，但CD10、CD138阴性、Bcl-2和MUM-1/1IRF-4强阳性。

套细胞淋巴瘤：CyclinD1、CD5和CD20阳性，而CD10、Bcl-6和CD23阴性。

伯基特淋巴瘤：CD10、CD20表达；CD5和Bcl-2不表达。

慢性淋巴细胞性白血病/小淋巴细胞淋巴瘤：CD5、CD23阳性，CyclinD1阴性。

母细胞性NK细胞淋巴瘤：表达CD4、CD45、CD43，不表达表面和胞质CD3，也不表达细胞毒性分子。

朗格汉斯细胞组织细胞增生症：表达CD1a和S-100蛋白。

皮肤软组织肿瘤

血管肿瘤：靴钉样血管瘤：内皮细胞表达CD31和vwF，CD34常阴性或局灶阳性；丛状血管瘤：内皮细胞强烈表达CD31、CD34和α平滑肌动蛋白。

皮肤血管肉瘤：CD31、CD34或vwF。

隆突性皮肤纤维肉瘤：CD34弥漫阳性、VIIIα因子、S-100蛋白、desmin和actin等标记阳性。

婴儿肌纤维瘤病：Vimentin和αSMA阳性，而CK、S-100蛋白和肌球蛋白阴性。

硬化性纤维瘤：S-100蛋白、髓碱性蛋白、NSE和desmin阴性。

多形性纤维瘤：actin和CD34表达。

巨细胞纤维母细胞瘤：间质和被覆细胞CD34阳性，但不表达vwF、CD31、S-100蛋白和EMA。

神经肿瘤

Merkel细胞癌：CD99+。

颗粒细胞瘤：S-100蛋白、PGP9.5、NSE、laminin、NGFR、Calretinin、PMP、P2-PO、MBP和CD57阳性(神经相关标记)；CD68阳性(组织相关标记)。

口腔

颗粒细胞瘤：S-100蛋白为强阳性。

恶性黑色素瘤：超过95%的病例S-100蛋白阳性，CK阴性，更特异的指标包括HMB45、Melan-A或糠酪氨酸酶阳性。

颌骨

非肿瘤：颌骨嗜酸性肉芽肿：CD1a抗原、S-100蛋白和HLA-DR等可作为朗格汉斯细胞的免疫组化标记物。

巨细胞肉芽肿：α1抗胰蛋白酶、α1-抗糜蛋白酶、溶菌酶、MAC-387和CD68。

肿瘤：牙源性透明细胞癌：CD13、14、19、8、18和EMA阳性；vimentin、S-100蛋白、desmin为阴性。

眼及眼附属器

恶性黑色素瘤：S-100蛋白和HMB45阳性，Vimentin和低分子量Keration也常阳性，如Cam5.2

视网膜母细胞瘤：NSE、Syn、S-100蛋白、GFAP、髓磷脂相关蛋白和Leu7阳性、CD99阴性(大部分)

耳

前庭神经鞘瘤：弥漫强表达S-100蛋白、Vimentin阳性，也可表达GFAP及NSE，除非肿瘤广泛变性，否则不表达CD34

侵袭性乳头状肿瘤：CK、EMA及S-100蛋白阴性，CK7、CK20及CEA有助于排除肺癌及结肠癌转移