这类图多用在需要表现数据的变化情况（例如基因的上调下调、基因互作程度

等）的地方。

现在能做heatmap的软件已经有很多，除了常用的R，mathlab之外还有如SPSS，heatmap bulider等。

我在作图的时候使用的是R语言的heatmap（）命令生成样图

然后用Adobe Illustrator CS6进行修饰

关于R语言，由于其能实现的功能太多，这里只用一个例子解释一下如何制作heatmap，

代码可以套用

准备工作：

R包（windows需要安装两个，R包和Rtools包） http://www.r-project.org/

Adobe Illustrator CS6 互联网资源很多，这里提供一个http://www.playnext.cn/illustrator-cs6.html

Excel等表格处理软件

需要绘制的数据表，例如我使用的是手头上的一组斑马鱼SiRNA表达情况的数据

step 1:

使用R绘制Heatmap所需要的格式为下图所示：

Name 这一列就是每一行数据的标签，Repeat则是对应不同类别。
根据这一点，先将数据整理为对应的格式，
我保留了原始数据中的Gene Name（F列）以及相关上下调的normalized数据（N和O列），其它的全部去除
最后整理结果如下，保存为 .csv格式
（之所以保存为 .csv格式是由于.csv格式比较简单，数据与数据之间用【，】隔开，方便处理）

Step1.2

但是这里需要注意的一点是，作为每一行标签的Name不能有重复，否则在R处理的时候会报错
剔除重复值的方法就是选中Name列，用Excel的【条件格式】

将重复的值挑选出来后，重复的单元格颜色会改变

再用【筛选】功能

点击Name右下角的小箭头 -【按颜色筛选】-选择颜色

这样就能将所有重复数据选出来，进行删除或者重命名Name

剔除所有重复的值之后就保存为

Step2 绘制草

首先【文件】-【改变工作目录】-选中result_step1.2.csv所在的工作目录

result<- read.csv("result_step1.2.csv", sep=",") row.names(result) <- result$Name result <- result[,2:3] # or result <- result[,-1] result_matrix <- data.matrix(result) heatmap(result_matrix, col=rainbow(256,start=0,end=2/6), revC=FALSE, scale="column", margins=c(5,15))

最后【文件】-【另存为】-【PDF】
保存为矢量格式

Step3 后期修饰

由R直接生成的图很简陋，不够精致，往往需要后期进行一些修饰
而对矢量图片进行修饰则需要使用Adobe公司的Adobe Illustrator软件

若想熟练使用这个软件，可以先学习其一些工具的基本操作，网络上教程很多，这里不再一一赘述
推荐可先将 http://www.51zxw.net/list.aspx?cid=303 的第一章第二章先了解一下。

在 Illustrator中打开生成的result.pdf之后，会发现这张图有以下几个问题

1.右侧的Gene Name重叠在一块了
2.Repeat1以及Repeat2字体太大，并且是竖版排列
3.比例不协调
问题逐一解决

Step3.1

文字重叠处理

使用左侧的直接选择工具，选中后安退格键，先将上下两部分删除，文字之后再添加

然后用选择工具框选住文字部分（注意，和上面的直接选择工具不同）

这样文字就被框选出来
在Illustrator上方状态中的字符栏更改字体大小到字体不再重叠
我这里从7修改成2.2

文字整体有点位移，用选择工具拖动调整一下，
使其逐行对齐。

Step3.2

添加文字性内容，将Repeat1以及Repeat2添加回来，或者添加其它修饰性文字/线条
使用文字工具
在画板空白处点击后添加文字，并将字体大小改为合适样式

使用选择工具将其拖动到合适位置

Step3.3

更改整体比例，让图片协调