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基于非小细胞肺癌患者血液ct DNA的EGFR突变检测:进行跨平台的技术比较以支持AZD9291的临床开发

2015-09-02 11:46  阅读(1390)  评论(0)  分类:专业

研究背景:

EGFR-TKI对于EGFR突变阳性的非小细胞肺癌患者非常有效。患者的癌症通常会复发,并且最常引起TKI耐药的机制是EGFR的T790M突变。目前临床上正在开发AZD9291以解决由T790M引起的耐药。已经报道了几个高敏感性的技术可以检测患者血液中的循环肿瘤DNA(ct DNA)。 ct DNA给无法进行组织活检的患者提供了检测并选择AZD9291机会,并还可以进行疾病的动态检测。


研究方法:

采用来源于AZD9291 临床研究入组患者(AURA研究,NCT01802632;入组患者为EGFR突变阳性且接受TKI治疗后复发的患者)的血浆样本,对基于ctDNA进行EGFR检测的4种技术进行了跨平台比较,这4种技术包括:基于ARMS方法的检测1) Roche Cobas和2) Qiagen Therascreen的EGFR突变检测试剂盒;基于数字PCR的检测使用3) BioRad ddPCR和4) BEAMing。

首先,使用以上4种检测方法对一组血浆样本(n=38)进行EGFR突变检测(T790M, L858R和19外显子缺失),对这4中检测方法进行初步比较。之后,进一步扩大血浆标本样本量(n=72)进行Cobas和BEAMING方法的比对。


研究结果:

四种检测方法进行血浆EGFR突变检测的对比

基于38个血浆样本,使用4种检测方法进行了EGFR突变检测(T790M, L858R和19外显子缺失)。使用4种方法进行检测时,都是按照供应商所提供的标准方法和cut-off值。大部分的血浆样本都有相匹配的组织标本,以便评估血液和组织检测的一致性。对于EGFR敏感突变(L858R和19外显子缺失),4种检测方法都有较高的敏感性和特异性。然而,对于EGFR的耐药突变T790M,基于数字PCR的2种检测方法的敏感性高于基于ARMS的2种检测方法(69-71% vs. 29-41%)。

表1. 四种检测方法进行血浆EGFR突变检测与组织EGFR突变检测的比较

基于非小细胞肺癌患者血液ct DNA的EGFR突变检测:进行跨平台的技术比较以支持AZD9291的临床开发

Cobas和BEAMING检测方法的进一步对比

进一步地用AURA研究中更大的一组血浆样本(n=72)对ARMS平台和数字PCR平台中更有前景的Cobas和BEAMING检测方法进行比对(表2)。与上一组的检测结果相比,此次Cobas和BEAMING检测对T790M的敏感性都有所上升。两组数据中Cobas检测结果不一致,可能是由于对Cobas检测方法进行了优化。而在此组检测中,Cobas和BEAMING的检测结果之间有着非常高的一致率(表3)。


表2  Cobas和BEAMING检测方法的进一步对比

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表3  Cobas和BEAMING对ctDNA进行EGFR检测的一致率

基于非小细胞肺癌患者血液ct DNA的EGFR突变检测:进行跨平台的技术比较以支持AZD9291的临床开发

进一步分析组织和血浆检测T790M突变结果不一致的样本(表4),发现3/4的Cobas血浆检测“假阴性”的样本接近BEAMing的检测下限(0.02%mutant),而7/9 的BEAMing 检测“假阳性”的样本也被AS-PCR检测为阳性,提示组织异质性的存在,同时也是血浆T790M检测特异性低的原因。

表4  组织和血浆检测T790M突变结果不一致的样本

基于非小细胞肺癌患者血液ct DNA的EGFR突变检测:进行跨平台的技术比较以支持AZD9291的临床开发

基于非小细胞肺癌患者血液ct DNA的EGFR突变检测:进行跨平台的技术比较以支持AZD9291的临床开发

组织/血浆检测T790M阳性患者对AZD9291临床疗效的初步比较

无论是通过组织检测还是血浆检测,基线时期有T790M突变的患者使用AZD9291治疗时有更高的ORR和DCR(表5)。同时,组织/血浆检测T790M阳性患者的ORR一致性高,提示血浆检测T790M可以作为无法进行二次活检的患者的理想选择。


表5  组织/血浆检测T790M阳性患者对AZD9291临床疗效的初步比较

基于非小细胞肺癌患者血液ct DNA的EGFR突变检测:进行跨平台的技术比较以支持AZD9291的临床开发

*使用ARMS方法进行检测


研究结论:

多个平台的技术都可以实现对非小细胞肺癌患者血浆ctDNA进行特异性和灵敏性的EGFR突变检测。Cobas和BEAMING的检测结果之间有着非常高的一致率,并且与组织检测相比检测T790M的敏感性达到70-80%。组织在T790M获得性耐药突变上的异质性,可能是血浆T790M检测特异性低的原因。AURA研究中血浆T790M阳性患者的ORR为63%,与组织分型的阳性患者接近,这表明血浆检测T790M可以作为无法进行二次活检的患者的理想选择。


信息来源:

Kenneth Thress et al. EGFR mutation detection in ctDNA from NSCLC patient plasma:A cross-platform comparison of technologies to support the clinical developmentof AZD9291.J Clin Oncol 32:5s, 2014 (suppl; abstr 8092)



 

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