自己做的 meta 分析刚刚被 PLOS ONE 接收，上来跟大家分享一下我的投稿经历（Molecular Psychiatry→Schizophrenia bulletin→biological psychiaty→schizophrenia bulletin→journal of medical genetics→PLOS ONE）。

我们实验室截止到目前一直在做某个基因在精神分裂症发病中的作用，包括遗传学分析和目前正在进行的动物模型研究，这个基因的一个 SNP（用 rs1234 表示）在 2008 年欧洲的精神分裂症 GWAS 研究中首次被报道。

随后，我们对这个基因研究的遗传学分析的文章也已经发表在 American Journal of Psychiatry（2011）和 American Journal of Medical Genetics（2012），其中发表的数据大部分都是我们自己产生的中国人群的 original data。

与此同时，中国也有其它几个研究小组在研究这个基因，截止到 2012 年的 7 月份，在中国人群已有超过 10 份样本产生了 rs1234 的 data（超过 20000 份样本），但是结果却非常不一致，在互相的研究中也都提到对方的样本采集问题。

我们的前期研究结果支持 rs1234 在中国人群中并不与精神分裂症相关，而有一些研究小组则报道了显著结果，为了系统的证实 rs1234 在中国人群是否与精神分裂症相关，我们利用中国所有可行的 data 做了 meta-analysis，结果也支持 rs1234 并不与精神分裂症相关，但是 p=0.10。

我和我的导师都认为该文章的意义并不是特别大，但是为了科学的严谨性，以及为以后实验室的研究提出指引方向，我们还是决定将这篇 meta-analysis 文章投出去。我们第一次以 letter to the editor 的格式投 molecular psychiatry，精神病学的旗舰杂志，审稿 50 天（9 月 22 日 -11 月 12 日），拒稿。

两个审稿人的意见并不 positive，因此主编拒稿，也在我们的情理之中，后来我们又将该文章扩写成 article，改投到 schizophrenia bulletin，审稿 26 天（11 月 19 日 -12 月 15 日），拒稿，但是审稿人并未提出尖锐性的问题。

根据第一个审稿人的意见，我们在文章中细致的描述了纳入的样本的特征（包括年龄、性别比例等），并加入了一些 meta-analysis 的必要分析，随后又将文章改投到 biological psychiatry，审稿 40 天（12 月 19 日 -1 月 29 日），拒稿，三个审稿人两个没有 positive，但是第三个审稿人非常的 negative。

Reviewer #3: This is a fine meta-analysis. But, the additional data produced results very similar to what the authors have already published in AJMG 2012, which concluded "Here, we studied rs1234 and schizophrenia susceptibility in multiple Asian case-control samples (10 Chinese and 2 Japanese samples; N=21,062), and the meta-analyses indicated non-significant association of rs1234 with schizophrenia (P=0.26), suggesting the same SNP identified in European samples is not predisposing risk in Asians." I did not see much new information from this study.

面对第三个审稿人的意见，我们也很无奈，这是一个 updated 的 meta-analysis（之前的 meta 分析也是我们做的），但是审稿人揪住这一点提问，拒稿也很正常，只能改投。我们随后将文章重投回 schizophrenia bulletin，但是这次主编没有选择送审，并提出：

One senior editor notes: "Recommend rejection because (i) Chinese meta analysis sample is smaller than the Caucasian samples, (ii) it still finds a suggestive trend for association, (iii) this association has been superseded by recent GWAS studies, reducing interest in this gene."

其实关于这个 SNP 的分析在我们之前的文章中已经包含过一次，并且包含了该基因的其它 SNP（fine-mapping analysis），样本量超过 10000 份，但是因为整体是一个 negative 结果，所以在投稿时屡屡被拒，最后只投到 3 分多的杂志上，审稿人不断提出我们的样本量没有欧洲的分析样本量大，虽然我们做了 power 分析（>80%）。

要知道，欧洲和美国的研究小组组成了一个 consortium，几十个国家的样本，超过了 50000 份，所以审稿人屡屡说我们的样本没达到 50000 份，虽然我们在文章中做了很详细的解释并且提出了可能的原因，但是仍然无效，真是无奈啊。

随后，我的导师要将该文章投到 Journal of Medical Genetics，我对此并不乐观，因为我感觉 JMG 的主编对 psychiatry 遗传学研究尤其是中国人群的研究存在偏见，果不其然，不超过 3 天就编辑部拒稿了。

但是 JMG 杂志的投稿状态很有意思，投稿状态的变化是 with editor---awaiting reviewer selection---awaiting EIC decision---rejected without review，状态显示是在等待选择审稿人，但是其实这只是杂志社一个状态的自动变化，只有出现 awaiting reviewer assignment---under review 才表明已经送外审了。

最后，我们将文章投到 PLOS ONE，一审不到 30 天（3 月 12 日 -4 月 10 日），两个审稿人，其中一个审稿人建议加一个分析，另一个提出语言需要润色。我们花了一个星期的时间进行修改，并于 4 月 18 日重新投稿，二审历时 11 天，文章接收。

值得注意的是，这是一篇阴性结果的文章，审稿人建议加一个 non-superioritytest 以证实我们的结果，这个 test 我没有接触过，还要感谢一位园友的大力帮助，在文章修回时也将她加成了共同作者。

总的来说，这篇文章在 PLOS ONE 投稿还算顺利，审稿也很快。负责这篇文章的主编是武汉同济医科大学的一位教授，从 PLOS ONE 发表的文章来看，他经常 handle 一些 meta 分析的文章，人很 Nice。根据实验室之前发表 PLOS ONE 的经验，文章接收后，我的导师会申诉减免版面费，一般是减到 100 美元，之前两次都成功了，不知道这次会怎样。