卵巢恶性中胚叶混合瘤与未成熟畸胎瘤。未成熟畸胎瘤罕见与50岁以上的妇女，含有来自三个胚层的成分，缺乏苗勒型恶性成分，并且几乎总是含有明确的原始神经上皮成分，其软骨具有胚胎或胎儿表现，而MMMT中的骨通常类似于分化差的软骨肉瘤，具有明显的核非典型性。

间皮增生和弥漫性恶性间皮瘤（DDM），大体可见的结节、坏死，明显的大的胞浆空泡，重度的核多形性和深层浸润时，更支持DDM，而不是间皮增生。EMA强胞浆染色是DDM而不是间皮增生的细胞学特征。形态测量显示反应性的间皮细胞一般较DDM细胞核更小，并且恶性间皮细胞要比反应性间皮细胞有更多的核任组成区，随访可显示病变性质。

苗勒管型良性腺体（腹腔内）。支持良性的诊断特征，有腺体位于被膜或滤泡之间，内衬包括纤毛细胞在内的多种类型细胞，缺乏明显的细胞非典型性和核分裂活性。腺体周围有基底膜以及缺乏纤维组织增生性间质反应。

不应将淋巴结内的良性鳞状上皮巢诊断为转移性鳞癌，支持良性特征包括温和的细胞学特征，核分裂不活跃以及在某些病例中病变起源于良性的腺体内。

粒细胞肉瘤与淋巴瘤：粒细胞肉瘤在常规染色中所见到的细胞较具有同样大小细胞核的淋巴瘤细胞更为细腻分散的染色质以及更为丰富的胞浆，胞浆可能深嗜酸性。

卵黄囊瘤与无性细胞瘤：卵黄囊瘤细胞核更多的变化，玻璃样变小体，缺乏间质淋巴细胞以及其他特征性结构和AFP阳性。

胚胎性癌比无性细胞瘤更大的更为深染的以及更为多形性的细胞核，并且几乎总是含有合体滋养叶细胞。

透明细胞癌和卵黄囊瘤：卵黄囊瘤的细胞核几乎总是比透明细胞癌更为原始的表现，他的乳头更为简单，含有一个位于中心的血管并且缺乏玻璃样变的嗜酸性核心。透明细胞癌其他典型特征表现：即肿瘤起源于子宫内膜异位症或混合有子宫内膜样癌，而卵黄囊瘤的其他形态学的出现或混合有其他类型的生殖细胞肿瘤可确立卵黄囊瘤的诊断。

息肉样子宫内膜碎片与子宫内膜息肉：在光镜下诊断子宫内膜息肉需要含有厚壁大血管的纤维性间质。息肉样腺肌瘤和非典型性息肉样腺肌瘤的间叶成分时平滑肌和纤维组织，而腺肌瘤一般完全是纤维间质。