食管基底细胞样鳞状细胞癌是食管鳞状细胞癌的特殊亚型之一，分化较差，具有较强的增生及浸润活性。其诊断指标是：1、癌的表浅部位有典型的原位或浸润性鳞状细胞癌；2、癌细胞成较规则团或巢状，团块周边部癌细胞常呈栅状排列以及癌细胞大小较一致似基底细胞；3、癌细胞团中常出现多数腺样分化，腺腔内有粉染分泌物，似腺样囊性癌分化；4、癌细胞胞浆较少，少数胞浆较宽，核成圆形及椭圆形或稍不规则，染色质细胞颗粒状，可有小核仁。此癌与腺样囊性癌的不同之处是：1、有明显鳞状细胞癌分化；2、部分癌细胞无腺样囊性癌分化；3、细胞团无明显基底膜物质形成；4癌细胞团内或之间无明显肌上皮分化；5、癌细胞较大，稍不规则，增生较活跃，浸润能力较强，常有较早深部浸润及转移。此癌与小细胞癌的鉴别点是：1、癌细胞团较大，较圆整，似基底细胞癌分化，极少见细条索状或单个散在的癌细胞浸润；2、细胞较大，染色质较粗，呈细颗粒状，可见小核仁，而小细胞癌的细胞明显角化及角化不全，呈推进式缓慢生长，较少发生转移。