由于在胚胎发育的早期阶段，食管上皮为纤毛柱状上皮，因此若在新生儿和成人食管内出现纤毛上皮并非真性异位。食管的胃粘膜异位可发生于食管任何部位，以食管上段最常见。表面常呈卵圆形斑，可伴有糜烂和溃疡，显微镜下见胃粘膜腺体替代鳞状上皮或分布于粘膜下，可分泌粘液。先天性食管内胃粘膜异位很少见，多数为后天性化生，即为Barrett食管。食管的肠粘膜异位可能也是一种柱状上皮化生改变。在食管下段也可发生异位胰腺组织，但罕见。
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