始基囊肿是较少见的口腔颌面部牙源性囊肿之一。好发于下颌磨牙区及下颌升支部。囊肿增大时可使颌骨膨胀，牙齿移位。始基囊肿是发生于造釉器发育的早期阶段，在牙釉质和牙本质形成之前，造釉器的星网层变性和液化，液体潴留其中而形成。此囊肿不含牙齿硬组织而囊肿的形成代替了牙齿的发育，致使囊肿区牙齿缺如。但由额外牙的造釉器或牙源性上皮剩余发生的囊肿，则不发生牙齿缺失。大体：囊肿为单房或多房，囊壁较薄，囊内含清亮液体，有感染时则囊液混浊。显微镜下：囊壁由纤维结缔组织构成，内衬鳞状上皮，上皮基底层细胞为柱状、立方状，缺乏上皮钉突。若伴有感染，则衬里上皮可增生并形成钉突。衬里上皮一般无角化，如果发生角化，则称为角化囊肿。