甲状腺乳头状癌根据其组织学构象和细胞特征分为普通型乳头状癌及特殊类型乳头状癌两大类型。其中特殊类型又包括乳头状微小癌、包裹型、滤泡型、弥漫硬化型、嗜酸细胞型、透明细胞型、柱状细胞型、高细胞型及伴有淋巴细胞间质的乳头状癌等多个类型。乳头状微小癌，直径小于1厘米。大体呈灰白色实性，界欠清，有或无包膜的结节状病灶，常伴有不同程度的纤维化，有时呈放射状不瘢痕。显微镜下：呈典型的乳头状癌组织结构和细胞形态特征。部分病例以颈淋巴结转移为首发症状。包裹型乳头状癌，有完整的包膜，常见瘤组织的局部侵犯。本型虽被完整包裹，但细胞的结构特点完全与乳头状癌相同。可有淋巴结转移及远处转移，但少见。诊断包裹型乳头状癌时应注意与滤泡性肿瘤伴乳头状增生及增生性结节伴囊性变并假乳头状结构形成相鉴别。滤泡型乳头状癌，肿瘤大部分或全部由滤泡结构构成，少部分为乳头状结构。构成肿瘤的滤泡大小不一，腔内可有红染的类胶质。有的如肾状结构，有的呈不规则形，有的呈嵴状或芽状，有的上皮突入腔内似有形成乳头的趋势。偶尔瘤性滤泡非常大，类似于结节状增生。尽管滤泡的大小和形状有所不同，但所衬细胞均呈现大而重叠核、毛玻璃状核、核沟及核内假包涵体等乳头状癌的细胞核特征。肿瘤常缺乏包膜，常见纤维性间隔且有时呈弥漫。砂粒体散在于间质内。瘤组织内常有不同程度的淋巴细胞浸润。弥漫硬化型乳头状癌，其形态特点是：1、常弥漫累及一侧及双侧甲状腺。2、无数不规则和粗短的乳头形成，乳头常位于甲状腺裂隙样腔隙内。3、广泛的鳞状化生灶。4、大量砂粒体形成。5、伴有显著的淋巴浆细胞浸润。6、瘤内大量纤维组织增生并玻璃样变。本型侵袭能力强，发生颈淋巴结转移和肺转移的机率较普通乳头状癌大，预后差。嗜酸细胞型乳头状癌是指构成乳头状癌的大多数（75%）细胞为嗜酸细胞。嗜酸细胞呈单层立方或柱状被覆于乳头，核呈毛玻璃状，见核内假包涵体和核沟。同时也具嗜酸细胞的特点，如核较大、深染、多形性，有时出现奇异细胞。此型常合并桥本甲状腺炎。透明细胞型乳头状癌是指透明细胞占瘤细胞的75%以上者。柱状细胞型乳头状癌，显微镜下：以细胞的乳头状结构和滤泡为主，也可呈平行索状，滤泡内可见胶质，上皮呈复层柱状，胞浆透明或有核下空泡。可见梭形细胞灶和微小滤泡等分化差的区域，常见坏死灶和核分裂像。高细胞型乳头状癌是指瘤细胞的高度为宽度的2倍或更大者，此种细胞占瘤细胞的30%以上。显微镜下呈典型的乳头状结构，被覆以单层高柱状细胞，其高度为宽度的2倍或以上，胞浆丰富，嗜酸性，核具有普通型乳头状癌的特点，位于基底部，核分裂像多见。瘤内或/和瘤周常有大量淋巴细胞浸润，淋巴细胞可位于乳头轴心，也可伴有广泛的慢性甲状腺炎。侵犯血管的能力强，预后差。伴有淋巴细胞间质的乳头状癌是指甲状腺乳头状癌间质伴有明显的淋巴细胞浸润，淋巴细胞可在乳头间质、瘤组织的边缘处及邻近甲状腺组织中出现，并可形成淋巴滤泡。