粘液表皮样癌显微镜下由粘液细胞、表皮样细胞（鳞状上皮细胞）和中间型细胞所组成。每个肿瘤或同一肿瘤的不同区域三种细胞所占比例及组织结构各有不同。实性肿瘤中以表皮样细胞和中间型细胞多见，囊性肿瘤中则以粘液细胞居多。粘液细胞呈单层或复层衬于囊腔里面，有时形成乳头突向囊腔，囊肿可扩张破裂形成粘液池，导致间质的炎症反应或形成肉芽肿，并可见胆固醇结晶裂隙和多核巨细胞，表皮样细胞常见明显细胞间桥，但角化罕见，可排列呈实性上皮团块或形成囊肿的一部分。如表皮样细胞水肿变性可形成透明细胞，此种透明细胞有时为肿瘤的主要成分。中间型细胞较小，核深染，可向粘液样细胞和表皮样细胞演变，常成为囊腔壁的一部分，位于粘液细胞的深面或肿瘤团块的周边部。少数情况下，此瘤可见灶状或全部嗜酸细胞化生。粘液表皮样癌依其各肿瘤细胞的分化程度可有高、中、低分化粘液表皮样癌之分。