卵巢透明细胞肿瘤中，较为常见的良性透明细胞肿瘤是透明细胞腺纤维瘤，其腺样的管腔散布于纤维间质中。腔内衬以单层上皮，其细胞胞浆透亮，细胞核呈鞋钉样。其具有潜在低度恶性者是交界性透明细胞瘤，它与透明细胞腺纤维瘤相似，但其上皮成分表现出不同程度的增生和非典型性，无间质浸润现象。其高度恶性者是透明细胞癌。这些肿瘤的标志是大的多角形透明细胞（类似于妊娠子宫内膜的A-S反应，相似的细胞含有嗜酸性颗粒状胞质，或含有少量胞质和大的球状细胞核的“钉样”细胞，突入囊腔内。透明细胞有与其他常见上皮性肿瘤相似的增生范围，但是良性病变和交界性透明细胞瘤甚为少见。因此，大多数透明细胞肿瘤是浸润性透明细胞癌。良性透明细胞肿瘤（腺纤维瘤），镜下，腺纤维瘤管腔被覆一层，至多两层鞋钉状细胞、透明细胞或较不常见的“未分化”立方细胞。核大小和形态常常规则，如果出现细胞非典型性，则仅仅是轻微和局灶性的。缺乏实性成片透明细胞和腺腔丛，核分裂象很少见。细胞含有胞质内糖原。如果有粘液则为囊腔内细胞外粘液。其间为致密纤维胶原性间质，在邻近上皮部分间质常常更富于细胞。交界性透明细胞肿瘤比其良性肿瘤大一些，但是一般的大体特征相同。镜下，它们也有相似的形态，伴有纤维胶原性或卵巢间质。囊腔被覆上皮与良性肿瘤相似。出现核的非典型性（大小形态不规则、染色质聚集、核仁明显，上皮出芽）和核分裂象（每10个高倍视野可达3个）。真正的乳头状结构少见。上皮增生可以产生小的实性透明细胞桑葚样小体，在缺乏明显的破坏性间质浸润时，与透明细胞癌无法区分。透明细胞癌在显微镜下有各种不同的结构类型，单个肿瘤可以见到任何一种或几种结构混合。常见结构被纤细的纤维血管间隔为小到大片的多形透明细胞。透明细胞边界清楚，核偏位、圆形或轻微成角，核仁常常明显。胞质因富含特别的糖原而非粘液而膨胀，并且可含有数量不等的可染色脂肪。细胞外粘液可见。具有嗜酸性颗粒状胞质的细胞可与典型的透明细胞混合存在。第二种主要的结构是管状乳头状。如同高分化浆液性癌一样，乳头排列有序，可以简单也可相当复杂。结缔组织轴心由纤细的未成熟的间叶组织组成，偶尔发生玻璃样变性。腺管和囊性结构也可以复杂，常常被纤维性或玻璃样变性的间质分隔。腺管和乳头被覆典型的透明、鞋钉或嗜酸性粒细胞，或者被覆分泌性柱状细胞。后者含有也见于分泌性子宫内膜样癌的境界清楚的小泡。当这些高柱状分泌细胞众多时，则使Müller管透明细胞癌和子宫内膜样癌的区别相当模糊，是混合性上皮性恶性肿瘤的交界部分。透明细胞癌的诊断必须根据明确的典型的铺砖样透明细胞，或嗜酸性粒细胞，或鞋钉状细胞。