与大多数其他癌症一样，乳腺癌表现出异常的基因表达模式。随着技术的进步，同时从一组肿瘤中研究数千个mRNAs以开发基因表达谱（分子特征）已成为可能。这些分子特征可能有助于诊断、预测肿瘤行为以及为个体患者选择合适的治疗。
乳腺癌发病的主要驱动因素是激素受体相关基因、HER2基因簇和增殖相关基因。基于基因表达谱的相似性，采用分层聚类法，乳腺癌被细分为管腔A型、管腔B型、HER2高表达型和基底样亚型, 此分型是基于镜下不同亚型的组织形态、免疫组化表达的特征进行的归类的。
对个体乳腺癌进行常规分子分析的临床效用仍不确定。结果似乎取决于所使用的平台和数据分析技术。同时，传统的组织病理学分级（诺丁汉综合组织学分级）标准，不太可能很快被取代。
参考资料：
1.DeVita，V.T.，Lawrence，T.S.，和Rosenberg，S.A.（2015）。癌症-肿瘤学原理与实践：癌症分子生物学入门-第二版。沃尔特斯·克鲁沃。
2.艾利森，K.H。；乳腺癌的分子病理学-病理学家需要知道的。Am J临床病理学2012；138:770-780.