分子生物学，是一门高深莫测的技术，没有人能解开她的面纱，腰裤带子也摸不到。因为够微观，做实验的时候，就仿佛是用水在抽提水，然后再倒进一些水里，晾干后用水再溶解……

　　好吧，或许各位确实对于分子生物学有所敬畏，觉得这是特别高大上的东西，其实也没什么必要。分子生物学，其实就是在跟序列作斗争，分析、比对、扩增、测序、构建，也就那么回事，有了相应的软件就可以如虎添翼了。

　　做分子生物学不得不学的软件就只有那么几种，其中DNASTAR就是其中一种。DNASTAR是最常用的分子生物学分析软件，一共由数个小软件组成，最常用的软件为EditSeq，MegAlign，SeqMan等。

　　分子生物学试验做的最多的无非是PCR和qPCR，我们今天就先介绍一下和qPCR引物设计时，序列选择相关的两个版块：EditSeq及MegAlign的操作方法。EditSeq是编辑生成序列的软件，而MegAlign是用于序列对比的软件，两者是DNASTAR中最常用的两部分。

　　我们常会遇到这样的问题，在设计qPCR引物的时候，发觉这基因有两个或两个以上的剪接异构体（通俗点说，就是会突然发觉NCBI上的这个基因，有两种以上的mRNA，有的缺失了一段外显子，有的多出来一块什么什么玩意的），到底选哪个来设计qPCR引物是很让人抓狂的事情，那要怎么办呢？我们可以先将它的mRNA异构体全都复制下来，粘贴到EditSeq上去。举个ABCC4的实例。首先搜索到ABCC4基因，可以发现ABCC4有两个异构体。如下图：

　　接着，将两个序列依次打开，复制出FASTA格式的序列，粘贴至EditSeq上去，并保存为.Seq格式文件。

　　然后打开MegAlign软件，MegAlign软件可识别的文件较多，包括Seq文件（序列文件）及Ab1文件（测序峰图文件）均可识别。

　　点击File菜单中的Enter Sequence，将之前编辑生成保存的Seq文件都导入至MegAlign文件中，点选后按done完成，如下图：

　　导入后，点击Align菜单。MegAlign的算法主要有两种，Jotun Hein算法以及Clustal算法，而Clustal算法又分为Clustal V及Clustal W。（Jotun Hein算法主要涉及的是前端序列已知相同的从头对比，而Clustal算法主要是对于序列的分段对比，相比之下，Clustal算法更为常用。好吧，这几句是我抄来的，谁管他到底是怎么算出来的呢，能用就得了……）

　　随后进行结果显示的选择，可调整为共同序列用红色阴影显示，更易分辩。（这都是活生生的经验总结啊，否则一个个碱基对过去，累瞎双眼啊亲……）

点击View可直接查询对比的结果。（终于走到这步了，感慨万千有没有……）

　　可从中发现ABCC4的异构体直接序列的差异，需要从两者的公有序列处，进行qPCR引物设计。（这样设计终于保险了，一身汗……要问我怎么设计，请回复006查看哈。。。）